提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2024年巴黎奥运会火炬传递将从法国马赛开始******
中新社巴黎2月3日电 (记者 李洋)巴黎奥组委当地时间2月3日宣布,2024年巴黎奥运会火炬传递将从法国东南部重要港口城市马赛开始。
巴黎奥组委在当天发表的声明中说,巴黎奥运会火炬传递将自2024年4月从马赛开始,马赛“将有幸成为在法国土地上迎接巴黎奥运会圣火的首个城市”。
巴黎奥组委主席埃斯坦盖表示,马赛作为巴黎奥运会火炬传递的起点是“自然而清晰”的选择。他认为,火炬传递的开始作为重要的奥运活动之一,将很好体现奥林匹克精神。他还透露了马赛当地火炬传递的初步构想。据悉,奥运会火炬将有望通过海运的方式,穿过地中海,从希腊运抵马赛。
按初步计划,巴黎奥运会火炬传递从马赛开始后,将展开在法国的漫长旅程,并将在2024年7月26日抵达奥运会的开幕现场。巴黎奥运会火炬传递的具体路线计划于2023年5月对外公布。
据介绍,马赛还将在巴黎奥运会期间承办一些奥运赛事。位于马赛的韦洛德罗姆体育场是当地的主要体育赛事举办地,可以容纳67000人。将会有部分奥运足球赛事在该体育场举行。
巴黎奥运会将于2024年7月26日至8月11日举行。根据巴黎奥组委此前公布的信息,巴黎奥运会开幕式将在塞纳河河道及沿河区域内举行,不再局限于体育场。上万名运动员将乘坐船只经由塞纳河入场。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)